Летопись Николо-Радовицкого монастыря начинается в первой половине XV века. На месте существующего монастыря располагалась Акакиева пустынь, основанная иноком Пахомием на острове Святого озера. Постепенно в пустынь стали стекаться многочисленные паломники, ищущие душевного уединения.
В середине XVI века монаху обители явился образ Николая Чудотворца, после чего стали происходить многочисленные чудеса. Молва о чуде быстро растеклась по окрестностям, что привело новых паломников в обитель. По распоряжению Ивана Грозного в 1584 году монастырю отдана окрестная земля. Этот год и следует считать датой основания Николо-Радовицкого монастыря.
В советский период обитель постигла участь многих монастырей России. Монастырь был закрыт, монахов разогнали, помещения стали использовать под пункт по приему молочной продукции, хлебопекарню и прядильный цех.
В 2006 году Русской Православной Церковью было принято решение о возобновлении монашеской жизни в Николо-Радовицком монастыре. С 2007 года ведутся реставрационные работы.