Монастырь основан на рубеже 1858—1859 годов по инициативе императора Александра II. Он возведен на том месте где, согласно старинному преданию, располагался древний Преображенский храм, разрушенный во времена татарского нашествия.
Изначально все здания монастыря были деревянными, каменными они стали лишь в 1879—1886 годах.  В монастыре существовала знаменитая монастырская школа - старейшая во всей Московской епархии.
Во времена советской власти монастырь был закрыт, а его помещения в разные периоды использовались под дом для инвалидов, колонию для малолетних преступников, склады реквизированного имущества, психиатрический диспансер и интернат. Многие священнослужители были репрессированы.
В 1998 году было принято решение о восстановлении монастыря. В 2008 году храм был освящен. В трапезном корпусе создана постоянно действующая фотогалерея, посвященная семье русского Императора Николая II и жизни российского общества в дореволюционное время.