Каменный собор построен в 1398 году в селе Микулино.
В XVI в. село Микулино насчитывало 4 монастыря и 5 посадских церквей. До наших дней дошел собор в честь Михаила Архангела, возведенный в 1559 году как усыпальница воеводы царя Ивана Грозного, князя С.И. Микулинского.
С 1922 года по 1989 год собор был закрыт. В настоящее время в соборе проведены реставрационные работы, церковь возвращена Русской православной церкви.

По одной из версий, золотой крест с драгоценными камнями, похищенный в смутное время из Микулинского собора, в настоящее время хранится в Лондонском музее